Apesar dos grandes avanços alcançados pelo PCP nos anos 30, a brutal repressão desferiu-lhe profundos golpes: os principais dirigentes são presos e os que ficam em liberdade não estavam à altura de defender o Partido e em muitos casos não mereciam a confiança da organização.

Com a libertação, em 1940, de um grande grupo de jovens militantes comunistas (entre os quais Álvaro Cunhal, José Gregório, Militão Ribeiro, Sérgio Vilarigues, Pires Jorge, Pedro Soares, Manuel Guedes e Júlio Fogaça), dá-se início à reorganização do PCP: é então que se cria uma estrutura totalmente clandestina, um núcleo de funcionários inteiramente dedicados à luta revolucionária. O Avante!, que praticamente deixara de se publicar em 1938, volta a sair em Agosto de 1941 para nunca mais parar. O PCP tornava-se então num grande partido nacional, organizador da luta popular e dinamizador da unidade antifascista.

O III Congresso do Partido (I ilegal), realizado em 1943, abriu uma nova fase da vida partidária. Desde então, apesar das ferozes arremetidas da repressão e de duros golpes sofridos, o Partido consegue garantir a estabilidade e continuidade do seu trabalho de direcção. O III Congresso afirmou os princípios democráticos na vida interna do Partido.

Menos de três anos depois, o PCP realiza o seu IV Congresso, num período de grande ascenso da luta de massas contra o fascismo. Entre os dois congressos, o número de militantes aumentou seis vezes e o número de organizações locais cinco. A tiragem do Avante! quadruplicou. No IV Congresso, o PCP define a via para o derrubamento do fascismo – o levantamento da nação portuguesa contra a ditadura – e reafirma a sua política de unidade antifascista. Os princípios orgânicos do centralismo democrático são também definidos no IV Congresso do Partido.