Nas­cido com o nome de The­ophy­lactus III de Tús­culo, em data in­certa, no seio da alta no­breza ro­mana, Bento IX su­cedeu a João XIX (1024-1032) num pro­cesso a que não terão sido alheias a in­fluência e ri­queza da sua fa­mília. Sem for­mação para tão im­por­tante cargo, se­gundo al­guns his­to­ri­a­dores, Bento IX exerce o seu pri­meiro pon­ti­fi­cado du­rante 12 anos, de Ou­tubro de 1032 a Se­tembro de 1044, al­tura em que é for­çado a sair de Roma sob vi­o­lentas acu­sa­ções de en­vol­vi­mento em as­sas­si­natos, or­gias e ou­tros crimes, cuja ve­ra­ci­dade ainda se dis­cute. Su­cede-lhe Sil­vestre III, que não chega a aquecer o lugar, acu­sado de ter che­gado ao cargo pela via do su­borno. Bento IX reúne apoios e inicia um se­gundo pon­ti­fi­cado, mas ao fim de um mês, ao que consta sob a in­fluência do ál­cool, vende o trono papal ao sa­cer­dote ita­liano João Gra­ciano, facto iné­dito na his­tória da Igreja. Gra­ciano, adopta o nome de Gre­gório VI, mas acaba por re­nun­ciar, não re­sis­tindo às acu­sa­ções de si­monia. Segue-se Cle­mente II, que morre poucos meses de­pois de ter as­su­mido o pa­pado; consta que terá ten­tado acabar com as tran­sac­ções de cargos ecle­siás­ticos. Bento IX volta ao pon­ti­fi­cado, que exerce de Ou­tubro de 1047 a Julho de 1048, aca­bando ex­pulso pelas tropas ger­mâ­nicas. Foi ex­co­mun­gado em 1049.